Die St. Antoniusschule Mühlen wird als Grundschule für Schülerinnen und Schüler katholischen Bekenntnisses geführt. Aus diesem Grund besteht eine sehr enge und intensive Zusammenarbeit mit den Mitarbeitern der Pfarrgemeinde St. Bonaventura Mühlen. Die 1. und 2. Klassen besuchen im Rahmen des Religionsunterrichts regelmäßig die Kirche, um den Kirchenraum als heiligen Ort wahrzunehmen und zu lernen, sich darin angemessen zu verhalten. Um den Kindern grundlegende elementare liturgische Sprach- und Ausdrucksformen näherzubringen, werden regelmäßig Gottesdienste gefeiert. Dazu gehören:

• Frühschichten im Advent für die Dritt- und Viertklässler
• Adventsgottesdienste für alle Schülerinnen und Schüler
• Wortgottesdienste am Aschermittwoch
• Wortgottesdienste zum Namensfest des Hl. Antonius
• Schulabschlussgottesdienste
• Wortgottesdienste zum Schuljahresbeginn
• Einschulungsgottesdienste und Messen zum Fest Allerheiligen

Bei der Vorbereitung und Durchführung der Gottesdienste sind die Schülerinnen und Schüler beteiligt. Auf dem Programm stehen auch Beichttermine zu Ostern und Weihnachten für die Viertklässler, die im Rahmen des Religionsunterrichts wahrgenommen werden. Jeder Unterrichtstag startet im Rahmen des Morgenkreises mit einem Morgengebet.

Auch nach der Fusion der vier Gemeindeteile (Holdorf, Handorf-Langenberg, Mühlen, Steinfeld) zur Pfarrgemeinde St. Johannes Baptist wird der Erstkommunionunterricht der Gemeinde durch den Religionsunterricht in der Schule in Absprache mit den Verantwortlichen begleitet.